1. Искусственный синтез олигонуклеотидов
Искусственный химический синтез заданной последовательности рибо- или дезоксирибонуклеозидов (типа РНК и ДНК).
Первый нуклеотид последовательности через его 5'-фосфатную группу химически закрепляют на твердой подложке, например, полистирола. Все потенциально химически активные группы и атомы его нуклеинового основания (аминогруппы, кислород) временно блокируются присоединением инертной «защиты». 3'-ОН группа сахара не блокируется.
Все нуклеотиды, подлежащие последовательному присоединению тоже заблаговременно защищаются не только по нуклеиновым основаниям, но и по 3'-ОН группе рибозы или дезоксирибозы. Активность фосфорной кислоты, присоединенной по 5'-положению сахара умеряется «навеской» хлорбензола по одному из ее кислородов. Таким образом, для реакции остается свободной только ОН-группа этой кислоты.
Теперь в реакционную среду вносят второй по заданному порядку нуклеотид последовательности — защищенный, как это было только что описано. В реакции между двумя ОН-группами отщепляется вода и устанавливается ковалентная фосфодиэфирная связь двух нуклеотидов. Затем снимается химическая защита с 3'-ОН группы только что присоединившегося второго нуклеотида и в реакционную среду вносят третий защищенный нуклеотид... И так далее. Разумеется, отщепление воды и образование фосфодиэфирной связи происходит не само собой, а в присутствии сложного химического катализатора реакции.
По окончании синтеза заданной цепочки олигонуклеотида все защиты снимаются и олигонуклеотид отделяется от твердой подложки.
Современные автоматические синтезаторы производят такую «сборку» олигонуклеотидов по заданной программе на длину до сотни нуклеиновых оснований.
Упомяну еще, что недавно найден способ наращивания искусственной цепи олигонуклеотидов с заменой химического катализатора на облучение этой цепи лучом лазера на каждой следующей ступени синтеза. Это упоминание вскоре нам пригодится.
Получив описанным способом отрезок одной нити нужного фрагмента ДНК, построение второй нити по нему, как по матрице, можно поручить ДНК-полимеразе.
1.1 Секвенаторы белков
Остается сказать несколько слов об еще одном автомате, предоставляющем в распоряжение исследователя необходимую для всего дальнейшего последовательность аминокислот в исходном белке. Первый вариант такого автомата был предложен еще в 1967 году Эрдманом и Беггом. Он настолько хорошо зарекомендовал себя, что в основных чертах сохранился до сих пор. Единственное, но не маловажное его улучшение состоит в том, что современные секвенаторы могут анализировать аминокислотную последовательность с обоих концов белковой молекулы (N-конца и С-конца), в то время, как цепь реакций, предложенных Эрдманом решала только первую из этих двух задач.
Упомянутая цепь химических реакций в деталях нам еще не доступна, поэтому я ограничусь общей словесной характеристикой ее 3-х этапов, обращая внимание на физическое состояние и характеристики реагентов.
На 1-м этапе некое сложное органическое вещество в водной, слегка щелочной среде присоединяется к исследуемому белку с его N-конца. ............
